يقع المسجد على مقربة من الحدود بين رفح الفلسطينية ورفح المصرية، ويُستخدم في بعض الأحيان للإعلان عن الوفيات عبر مكبرات الصوت، خاصة في الحالات التي يصعب فيها التواصل بين العائلات على جانبي الحدود. ويُعدّ من المعالم الدينية البارزة في المنطقة، حيث يخدم سكان حي الشابورة والمناطق المجاورة. يُعرف المسجد بنشاطه المجتمعي والدعوي، ويتبع له فريق يُعرف بـ”أسرة مسجد الشهداء”، يقوم بتنظيم فعاليات دينية واجتماعية، مثل تقديم التعازي والتهاني، وتنظيم حلقات تحفيظ القرآن الكريم.

قام طيران الاحتلال الإسرائيلي في 20-3-2025، بقصف مسجد الشهداء في مخيم الشابورة وسط مدينة رفح جنوب قطاع غزة، مما أدى إلى تدمير المسجد تدميراً كلياً.