سُمّي المسجد باسم القائد العسكري في كتائب الشهيد عز الدين القسام، محمد أبو شمالة، الذي استُشهد في 21 أغسطس 2014 خلال غارة إسرائيلية استهدفته في رفح. ويُعدّ المسجد مركزًا دينيًا واجتماعيًا مهمًا لسكان المنطقة، حيث تُقام فيه الصلوات والأنشطة الدينية المختلفة.

قام طيران الاحتلال الإسرائيلي في 3-5-2024، باستهداف محيط مسجد أبو شمالة في تل السلطان غرب رفح مدينة جنوب قطاع غزة، مما أدى إلى تدمير بعض أجزائه، أى تدميره جزئياً.