يقع مسجد شهداء الأقصى في مدينة دير البلح وسط قطاع غزة، ويُعتبر من المساجد البارزة في المنطقة.
قام طيران الاحتلال الإسرائيلي في 6-10-2024، باستهداف مسجد شهداء الأقصى الذي يؤوي نازحيين، فهو يقع مقابل مستشفى شهداء الأقصى مباشرة، مما أدى إلى تدمير المسجد تدميراً كلياً، ووقوع مجزرة مروعة داخله حيث استشهد عشرات النازحين داخله اضافة إلى عدد من الجرحى.