مسجد الشيخ زكريا هو أحد مساجد غزة التاريخية ويقع وسط المدينة وشمال غرب البلدة القديمة، بحي الدرج في شارع الوحدة وقريب من مسجد الشيخ خالد الأثري، شُيّد المسجد في القرن الرابع عشر الميلادي أي منتصف القرن الثامن الهجري في عهد الدولة المملوكية، بأمر من ملك الأمراء السيفي كافل المملكة الغزية، ودفن في هذا الجامع الشيخ زكريا الذي توفي في 749 هجريّا، الذي سمي المسجد بأسمه، كان للمسجد قديمًا وقف محلات بحي البرجاية.

ولم يبق من المسجد سوى مئذنته، وعلى بقاياه نقش في بلاطة كتب عليها "عمر هذا البيت المبارك إن شاء الله تعالى بأمر مولانا ملك الأمراء… السيفي كافل المملكة الغزية أعز الله أنصاره في شهر محرم سنة 410 هـ".

قام طيران الاحتلال الإسرائيلي في 11-4-2024، باستهداف المسجد غي حي الدرج بمدينة غزة، مما أدى إلى تدميره تدميراً كلياً.